随着全球数据量呈指数级增长,传统存储介质(如硬盘、磁带)面临物理极限、格式过时和能耗过高的三重挑战。DNA 作为一种天然的分子存储载体,凭借每克数百艾字节的存储密度、百万年级的耐久性和格式兼容性,成为解决长期数据归档难题的核心方向。然而,DNA 存储的工业化落地需突破三大瓶颈:室温稳定性、自动化读写和高密度集成。
在此背景下,微流控技术与纳米封装工艺的跨界融合提供了系统性解决方案。通过将 DNA 封装于二氧化硅纳米颗粒中,并结合数字微流控芯片(DMF)的精密操控能力,不仅实现了 DNA 数据的长期室温存储,更构建了自动化检索的完整 workflow。这一技术路径深度整合了 MEMS 加工、PDMS 芯片制备、表面修饰等关键工艺,为 DNA 存储从实验室走向产业化奠定了基础。

图1. 存储方案:在合成编码数字信息的DNA库后,DNA通过封装在二氧化硅纳米颗粒中得到保护,这些颗粒被沉积在兼容DMF的玻璃载玻片上并储存在架子上。因此,与配备最新LTO-9磁带驱动器的标准19英寸服务器机架相比,其存储密度高出6000多倍(详见支持信息)。
DNA 的室温不稳定性源于水解和氧化作用,未保护的干燥 DNA 在室温下一年内浓度会降至初始值的 10% 以下。为解决这一问题,研究团队开发了核壳结构的 PD 颗粒,通过多层二氧化硅封装构建近无水保护环境。
该工艺以 MEMS 加工标准的二氧化硅纳米颗粒为核心,经 TMAPS(3 – 三甲氧基硅丙基三甲基氯化铵)功能化修饰后,利用 DNA 分子的负电磷酸骨架与颗粒表面正电荷的静电作用实现高效吸附。在溶胶 – 凝胶过程中,通过 TEOS(四乙氧基硅烷)的缩聚反应生长保护层,最终经二次氨化处理提升表面 zeta 电位至 33±10 mV,确保颗粒在分散液中无团聚现象。这种表面修饰工艺与 PDMS 芯片加工中的功能化处理逻辑异曲同工,为后续微流控集成提供了兼容性基础。
PD 颗粒的核心优势在于兼顾稳定性与可及性:封装后的 DNA 在 70℃、50% 相对湿度下加速老化 4 天(等效室温 116 年)仍保持完整,而通过含氟离子的 BOE 缓冲液可快速溶解硅壳,无损释放 DNA 用于 PCR 扩增和测序。

图2. a) 传统DNA颗粒在DMF装置的电场中发生团聚。b) PD颗粒表现出更强的韧性,在分散体中保持稳定。参见支持信息中的视频S1-S5。
数字微流控(DMF)技术的引入解决了 DNA 存储的自动化操控难题。该系统采用 ITO 导电玻璃与疏水涂层(Teflon AF 1600)构建芯片基底,通过电极阵列的电润湿效应实现液滴的精准移动、混合和干燥。与传统微流控芯片依赖微通道不同,DMF 的无通道设计更适合高浓度颗粒分散液的操控,避免了微流道加工中常见的堵塞问题。
为适配 PD 颗粒的特性,研究团队优化了芯片加工参数:通过调整电极电压(275V 最优)和液滴体积(5-10μL),实现了颗粒在玻璃载玻片上的均匀沉积。同时,在颗粒分散液中添加 20wt% 碳酸氢钠,利用其与 BOE 反应产生的 CO₂气泡辅助干燥颗粒的再分散,使检索效率提升至 100%。这一设计与 PDMS 芯片键合对准平台的精密操控理念一致,体现了微流控技术在自动化领域的通用性。

图3. a) DNA包覆二氧化硅纳米颗粒的合成。b) 功能化核颗粒以及DNA包覆和氨化的PD颗粒的粒径分布。c) 显示单个PD颗粒的扫描电子显微镜显微照片。比例尺为100纳米。
加速老化实验验证了封装技术的优越性:在 70℃、50% RH 条件下,未保护的 DNA 在 9 天内完全降解,而 PD 颗粒封装的 DNA 仍保持稳定。在室温存储场景中,封装 DNA 可稳定保存超过一个世纪,远超磁带(10-30 年)和硬盘(5 年)的使用寿命,无需像传统存储那样定期数据迁移。

图4. a) 在室温、-80°C以及封装于40°C和50%相对湿度条件下储存的DNA的相对浓度。b) 在兼容DMF的载玻片上进行的DNA加速老化测试:添加了20 wt% \(NaHCO_{3}\)的PD颗粒(基于颗粒的量),与在70°C、50%相对湿度下未受保护的干燥DNA进行对比。每个点使用100 µg颗粒。
这种稳定性为归档存储提供了核心价值 —— 尤其适用于医疗数据、科学研究档案等需要长期保存的场景,与器官芯片、细胞培养芯片产生的海量实验数据存储需求高度契合。
该技术的存储密度达到惊人水平:单玻璃载玻片上的一个存储点可承载 23.5TB 数据,优化 DNA 负载量和编码方案后,潜力可达 280TB / 点。一个 50cm 高的存储架可容纳 160 块载玻片(每块 50 个存储点),总容量最高达 2.24EB,存储密度为 595TB/cm³。
这一指标是当前最先进的 LTO-9 磁带存储系统(8.2GB/cm³)的 6144 倍,相当于用一个小型服务器机架替代数千个传统磁带机柜。高密度优势背后,是 MEMS 微纳加工技术对颗粒尺寸(117±9nm)的精准控制,以及微流控芯片对液滴沉积的微米级定位能力。

图5. 数字微流控兼容载玻片上干燥颗粒点的回收效率特征。参见支持信息中的视频S1-S5。每个点使用100微克颗粒。
基于 DMF 芯片的自动化流程大幅降低了人为干预:从颗粒复苏、DNA 释放到 PCR 扩增,全程可在芯片上完成,单次检索耗时仅需数小时。实验中,包含 7373 条独特序列的 DNA 文库(编码航天飞机图像)经加速老化后,通过 DMF 系统成功检索,序列丢失率低于 4%,无新增碱基替换错误。
这种自动化能力解决了 DNA 存储 “读写瓶颈”,与微流控 PCR 芯片、液滴数字 PCR 技术的发展趋势一致,为构建全自动化 DNA 存储阵列提供了可能。

图6. a) 使用兼容数字微流控(DMF)的二氧化硅纳米颗粒包裹DNA文库进行DNA数据存储的实验方案。b) 测序后未读取到的序列:100 µg颗粒(500 ng DNA文库)、500 µg颗粒(2.5 µg DNA文库)或裸露的干燥DNA文库(500 ng)。c) 三个样本中替换错误相对数量的比较。航天飞机图像由美国国家航空航天局(NASA)提供。
该技术最直接的应用是替代传统磁带库,服务于云计算数据中心、国家档案馆、科研机构等场景。其超低能耗(室温存储无需制冷)和空间优势,可使数据中心的存储成本降低 90% 以上,同时减少碳足迹,符合绿色数据中心的发展趋势。
对于生物医学领域,该系统可与类器官芯片、3D 细胞培养芯片联动,实现实验数据的 “产生 – 存储 – 检索” 闭环,尤其适用于基因测序数据、药物研发档案等高密度、长期保存需求。
技术的落地依赖产业链支撑:MEMS 代工企业可提供标准化的 PD 颗粒合成工艺,微流控芯片制造商可规模化生产 DMF 操控平台,而表面修饰技术的成熟则为颗粒稳定性提供保障。当前,PDMS 芯片加工平台、光刻胶模具制备、微流道加工等产业链环节已具备量产能力,为技术产业化奠定了基础。
未来,该技术可与二维码芯片结合实现数据溯源,或集成到微流控分析系统中,构建 “存储 – 检测” 一体化设备,应用于现场快速检测、便携式数据终端等场景。
DNA 存储与微流控的融合还将催生新应用:在农业领域,可用于存储作物基因库数据;在航天领域,高密度存储特性适合空间探测器的数据归档;在医疗领域,可与液体活检芯片结合,实现患者基因数据的长期存储和精准检索。
随着 DNA 合成成本的持续下降(预计未来 5 年降低 100 倍),该技术将逐步从归档存储向近线存储延伸,与固态硬盘、云存储形成互补,构建多层次存储体系。
DNA 数据存储与数字微流控技术的结合,不仅突破了传统存储的物理极限,更构建了一个融合 MEMS 加工、PDMS 芯片制备、表面修饰等多领域技术的创新生态。其室温稳定性、超高密度和自动化优势,使其成为应对数据爆炸时代的核心解决方案。
未来,随着微流控芯片集成度的提升(如多通道并行操控、芯片上测序模块集成)和纳米封装技术的优化(如更高 DNA 负载量、更快速的释放工艺),DNA 存储将逐步实现产业化落地。这一革命不仅将改变数据存储的格局,更将推动微流控技术、纳米材料、生物制造等领域的跨界融合,为新一轮科技革命注入动力。
从实验室的技术验证到工业化的规模应用,数字微流控赋能的 DNA 存储正开启一个 “分子级存储” 的新时代,为人类数字遗产的长期保存提供了可靠保障。
参考文献:DOI: 10.1002/smll.202107381
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